Магьосниците Албус Дъмбълдор и Минерва Макгонъгол се срещат на улица „Привит Драйв“ номер четири, Литъл Уингинг, графство Съри подтикнати от последните събития в магическия свят. Лорд Волдемор - вероятно най-силният и страховит тъмен магьосник живял някога - е бил победен. За съжаление Лили и Джеймс Потър са станали последните му две жертви. Въпреки всичко, техният невръстен син Хари по някакъв начин е оцелял след убийственото проклятие на Волдемор (по-късно става ясно, че е използвал убийственото проклятие Авада Кедавра) и белегът с форма на светкавица на челото му е единствения видим ефект от проклятието. Хари незабавно се превръща в легенда сред магьосниците и става известен като „момчето, което оживя“.
Рубиъс Хагрид, пазител на дивеча в Училището за магия и вълшебство Хогуортс, се среща с Албус Дъмбълдор заедно с бебето Хари, което е оставено на неохотните грижи на последния жив човек от семейството му - мъгълската (немагическа) сестра на майка му - Петуния Дърсли. Хари е оставен да живее заедно с Петуния, нейният съпруг Въртън и все още невръстното им дете Дъдли. Заради презрението си към магьосническия свят Петуния и Въртън решават да скрият от Хари истината за неговите магически способности и му казват, че родителите му са загинали при автомобилна катастрофа. Семейство Дърсли се отнася с пренебрежение към Хари, който е принуден да спи в килера под стълбището.
Малко преди единайстия рожден ден на Хари, сови започват да доставят писма в къщата на семейство Дърсли. Петуния и Върнън успяват да попречат на Хари да прочете някое от писмата - всичките адресирани именно до него - но не успяват да прекратят доставките, затова заедно с Хари и Дъдли се скриват на малък остров, за да избегнат писмата. Хагрид обаче ги открива и лично връчва на Хари писмото, което го кани да учи в училището за магия Хогуортс. Хагрид му разказва истината за смъртта на родителите му и го въвежда в магьосническия свят. В кръчмата „Продънения котел“ Хари се запознава и с новият учител по Защита срещу Черните изкуства - професор Куиръл. От там те влизат на търговската улица „Диагон-али“, от където Хари си купува необходимите за училище неща. Хагрид казва на Хари, че Лорд Валдемор е този който е убил родителите му. Въпреки че Волдемор си е отшъл, много от магьосниците продължават да се боят от него и малцина са тези които се осмеляват да произнасят неговото име. Хари си купува магическа пръчка от господин Оливандър, който му казва че новата му пръчка е „сестра“ на пръчката на Волдемор - в сърцевината на двете пръчки има перо от един и същи феникс.След това Хагрид купува бяла сова на Хари , а той я нарича Хедуиг. Хари среща също и Драко Малфой - млад магьосник от много богато семейство, който също ще бъде за първа година в Хогуортс. Поведението на Малфой и обидните му забележки към Хагрид не се нравят на Хари.
Скоро Хари тръгва към Хогуортс от перон 9¾ на гара Кингс Крос, Лондон. Там Хари се запознава с Рон Уизли - момче от бедно, но много сплотено семейство - и Хърмаяни Грейнджър - момиче родено в семейство на мъгъли и с досадния навик да знае всичко. Веднага след пристигането си в училището всички нови ученици биват разпределени в някой от четрите домове. Всеки дом има характерни черти: Слидерин събира амбициозните и хитри магьосници, които биха направили всичко, за да постигнат това което искат; в Рейвънклоу отиват интелигентните и разумни ученици; Грифиндор е за дръзките и смели магьосници; Хафълпаф се характеризира със справедливост, честност и усърден труд. Разпределянето става последством разпределителна шапка, която всеки от първокурсниците си слага и тя решава в кой дом да отиде. По време на разпределянето на Хари шапката много се колебае дали да не го прати в Слидерин, но впечатленията на Хари от този дом не са добри, затова той през цялото време си мисли за Грифиндор и именно там го праща накрая шапката. В Грифиндор са разпределени също и Рон и Хърмаяни, докато Драко Малфой, който вече не крие презрението си към Хари и неговите приятели, е разпределен в Слидерин.
В началото Хари и Рон не харесват особено прекалено стриктната Хърмаяни. Един ден след като Рон я дразни, Хърмаяни бяга в момичешката тоалетна, плачейки. По същото време в замъка на училището се появява един планински трол. Хари и Рон решават да отидат да я предупредят за опасността, но когато стигат съществото вече е там. Използвайки магическата си пръчка Рон успява да повали трола със собствената му бухалка. След като преподавателите пристигат и заварват поваления трол и тримата ученици там, Хърмаяни поема вината. След този момент тримата стават приятели.
След изключителното си представяне по време на първият им урок по летене с метли, Хари е включен в отбора по куидич на Грифиндор и става най-младият търсач през последният век. За Коледа Хари получава мантия невидимка, която някога е принадлежала на баща му. Докато използва мантията, за да изследва замъка през нощта, Хари открива огледалото Еиналеж, което му показва него обграден от отново живите му родители. След това Дъмбълдор съветва Хари да не търси отново огледалото, защото то не показва нищо реално, а само какво човек желае.
Триглаво куче, кръстено от Хагрид - Пухчо, охранява отвор в пода на забранения коридор в училището. Тримата герои дълго обсъждат какво може да се пази там и в крайна сметка решават, че там се намира легендарния Философски камък, изработен от Никола Фламел. Смята се, че с този камък човек може да произведе еликсир на живота, който да му донесе безсмъртие,затова Волдемор го иска толкова много. Хари, Рон и Хърмаяни решават, че зловещо изглеждащият преподавател по отвари Сивиръс Снейп се опитва да открадне камъка за да върне Лорд Волдемор към живот.
Тримата герои смятат, че кражбата на камъка предстои в скоро време и решават, че е по-добре те да се доберат първи до него. След като успяват да преминат покрай Пухчо, им се налага да преминат през още няколко препядствия, поставени от различни преподаватели в училището, за да защитят камъка. В крайна сметка Хари успява да се добере до най-вътрешната стая, където за своя изненада не заварва Снейп, а професор Куиръл. Оказва се, че Куиръл през цялото време е използван от Лорд Волдемор, който със силно намалена сила се нуждае от философския камък, за да се върне към своето могъщество. Куиръл обаче не успява да вземе камъка и след като Волдемор напуска неговото тяло Куиръл умира.
След това Дъмбълдор казва на Хари, че майка му е умряла, за да го спаси и това е причината Волдемор да не успява да приложи силата си върху него. Дъмбълдор съобщава на Хари, че Философският камък ще бъде унищожен, за да се попречи на Волдемор да го използва, за да се върне към живот.Обаче, освен с филосовския камък, Черния Лорд, има още начини за завръщане.